Polemik seputar harapan Menteri Pertahanan agar RUU Keamanan Nasional (Kamnas) untuk dapat diprioritaskan dalam Program Legislasi Nasional (Prolegnas) 2007 menjadi titik krusial bagi penataan kelembagaan dalam reformasi sektor keamanan. Usulan RUU Kamnas tersebut sejatinya memberikan gambaran bahwa kebijakan yang berkaitan dengan pertahanan dan keamanan negara masih tambal sulam, tidak komprehensif, dan jangka panjang. Hal tersebut ditandai dengan penolakan Polri, secara kelembagaan untuk ikut terlibat dalam pembahasan. Keberadaan UU No. 3 Tahun 2002 Tentang Pertahanan Negara dianggap tidak lagi dapat menaungi berbagai bentuk ancaman, baik dari dalam maupun luar negeri, serta koordinasi antar kelembagaan. Dalam UU Pertahanan Negara, lebih banyak mengatur esensi dari tugas TNI, dengan sedikit ’bumbu’ tugas perbantuan TNI kepada pengamanan dalam negeri, yang diemban Polri. Sementara keberadaan Polri dengan UU No. 2 Tahun 2002 merasa sudah cukup dengan kemandirian dan profesionalisme selepas pemisahan dengan TNI, menjadikan lembaga pengelola Keamanan Dalam Negeri (Kamdagri) tersebut tidak tersentuh pengawasan. Dengan kedudukan langsung di bawah presiden, Polri memosisikan diri sebagai lembaga yang memproduksi kebijakan, dan operasional sekaligus, suatu kondisi yang tidak tepat bagi tata pemerintahan yang baik (good governance).

Sementara yang menarik adalah belum adanya perundang-undangan bagi komunitas intelijen, dalam hal ini Badan Intelihen Negara (BIN), yang mengatur secara kelembagaan dan koordinasi antar lembaga intelijen. Idealnya, sebelum RUU Kamnas disahkan menjadi undang-undang, lembaga intelijen terlebih dahulu harus memiliki pijakan legalitas.

Respon negatif dari Polri dengan membentuk Kelompok Kerja (Pokja) perumusan naskah akademik alternatif RUU Kamnas, serta tidak ada reaksi yang signifikan dari BIN sesungguhnya menggambarkan bahwa usulan RUU Kamnas menjadi domain Mabes TNI, dan Departemen Pertahanan. Bahkan kesiapan TNI dalam perumusan RUU Kamnas tersebut ditandai dengan perubahan doktrin, sebagai bagian dari respon positif lembaga tersebut dengan kehadiran RUU Kamnas. Hal tersebut menegaskan bahwa secara kelembagaan, TNI jauh lebih siap dari dua pengelola keamanan lainnya, bahkan dengan Departemen Pertahanan sekalipun. Artinya perlu juga dipertegas bahwa usulan RUU Kamnas tersebut harus dilandasi pula dengan kesiapan kelembagaan yang terlibat di dalamnya. Bila keberadaan Departemen Pertahanan, Departemen Dalam Negeri, Departemen Luar Negeri, dan Departemen Hukum dan Perundang-undangan sebagai institusi yang terlibat dalam proses mekanisme koordinasi kebijakan, maka kesiapan secara operasional kelembagaan Polri, TNI, dan BIN sebagai pengelola keamanan harus dalam frekuensi yang sama.

Kondisi tersebut menggambarkan bahwa RUU Kamnas yang diusulkan Departemen Pertahanan bersama Mabes TNI relatif masih belum mendesak bila dikaitkan dengan kesiapan lembaga-lembaga pengelola keamanan tersebut. Sebab berbagai ancaman baik dari dalam dan luar negeri masih dapat direspon oleh aktor-aktor pengelola keamanan dengan baik, walaupun miskin koordinasi, dan Alutsista serta Alkom terbatas. Meski secara kelembagaan demokrasi, keberadaan UU Kamnas merupakan prasyarat dari penataan kelembagaan sektor keamanan. Namun bila dikaitkan dengan belum rampungnya reformasi di internal TNI, Polri, dan BIN, maka keberadaan RUU Kamnas bila dipaksakan menjadi undang-undang hanya akan bernasib sama dengan UU Pertahanan Negara.

Kesiapan TNI secara kelembagaan dalam perumusan RUU Kamnas harus dihargai sebagai bagian dari respon agar keamanan negara, keamanan masyarakat, dan keamanan individu terjamin. Akan tetapi hal tersebut hanya dapat dilakukan dengan mewujudkan satu sistem keamanan yang menyeluruh. Ada titik persinggungan peran dan fungsi dari TNI, Polri, maupun BIN satu dengan yang lainnya. Ancaman terhadap keamanan nasional berasal dari tiga jenis konflik, yakni: konflik antar negara, konflik dalam negeri, dan lintas negara. Ancaman yang datangnya dari luar negara, menjadi domain TNI, sementara keamanan dalam negeri (Kamdagri) dan terselenggaranya kepentingan umum menjadi bagian dan tugas dari Polri. Sedangkan bencana alam dan bencana yang disebabkan oleh manusia menjadi tugas dan kewajiban TNI dan juga Polri. sementara BIN ataupun lembaga intelijen terkait lainnya menyuplai data dan analisis sebagai deteksi dini berbagai ancaman yang datang dari dalam maupun luar negeri.

Sehingga apabila RUU Kamnas tetapi dimajukan dalam Prolegnas tahun 2007 harus terlebih dahulu merevisi UU No. 2 Tahun 2002 Tentang Polri dan mewujudkan UU Intelijen Negara sebagai payung hukum dari komunitas intelijen. Merevisi UU No. 2 tahun 2002 menjadi mendesak karena berbagai cela yang membuat Polri sangat superior dan tidak tersentuh mekanisme checks and balances harus segera direvisi. Salah satu yang krusial juga adalah menempatkan Polri di bawah koordinasi departemen terkait.

Sementara lembaga intelijen negara, dalam hal ini BIN, serta komunitas intelijen lainnya harus juga memiliki payung hukum kelembagaan. Keberadaan Inpres No. 5 Tahun 2002 sejatinya tidak cukup memberikan ruang yang efektif bagi BIN dan lembaga intelijen lainnya dalam menjalankan peran dan fungsinya. Sehingga dibutuhkan payung hukum setingkat undang-undang agar mekanisme check and balances serta koordinasi antar komunitas intelijen juga mampu memberikan kontribusi bagi deteksi dini agar keamanan nasional terjamin.