Meski telah ada kesepakatan antara pemerintah dengan DPR terkait dengan Pasal 9, yang menyangkut tentang peradilan umum bagi anggota TNI yang melakukan pidana umum dalam RUU Peradilan Militer. Namun sesungguhnya rancangan undang-undang tersebut masih menyimpan permasalahan, terkait dengan operasionalisasinya di lapangan. Selama ini, anggota TNI terbiasa ditangani pengadilan militer atau atasan langsung apabila melakukan kesalahan, baik dalam tindak pidana militer atau umum. Sehingga ada perasaan bahwa secara korps, TNI memiliki sistem sendiri sebagai satu kesatuan korporasi. Perasaan itulah yang hingga saat ini coba dijaga oleh pimpinan TNI agar tetap menjadi kebanggaan anggota. Kontroversi usulan Pasal 9 dalam RUU tersebut menjadi penegas pula, bahwa Departemen Pertahanan, sebagai kepanjangan politik TNI berupaya pula memperjuangkannya dalam RUU Peradilan Militer tersebut.

Sementara itu, kalangan LSM dan DPR sendiri melihat bahwa RUU Peradilan Militer harus selaras dengan penegakan HAM dan konstitusi terkait dengan persamaan bagi warga negara di mata hukum. Prinsip tersebut pada akhirnya berbenturan dengan upaya internal TNI dan Departemen Pertahanan yang mewakili pemerintah untuk menjaga psikologis agar tetap memiliki kebanggaan sebagai anggota TNI. Harus diakui bahwa pasca pemisahan TNI dengan Polri,dan proses Reformasi TNI yang telah berjalan sepuluh tahun, menyisahkan kepiluan bagi sebagai besar anggota TNI, terutama bintara dan tantama. Di satu sisi reformasi internal TNI berjalan dengan relatif baik. Namun di sisi lain, konsekuensi dari proses tersebut meninggalkan permasalahan terbengkalainya fokus pimpinan TNI dalam mensejahterakan anggotanya. Salah satunya dengan ditertibkan dan diambilalihnya bisnis TNI oleh pemerintah, yang mana merupakan salah satu sumber bagi pensejahteraan anggota.

Masalah lain yang tidak kalah seriusnya adalah perasaan inferioritas jaksa dan polisi yang akan melakukan penyidikan bagi anggota TNI yang melakukan tindak pidana umum. Sebagaimana diketahui bersama bahwa perasaan lebih rendah jaksa dan anggota polisi dari anggota TNI adalah bagian yang menyulitkan dalam penataan pada tiga institusi tersebut. hal ini harus dipahami utuh oleh pemerintah, DPR dan kalangan LSM terkait dengan pembahasan RUU Peradilan Militer. Dalam pengertian bahwa memindahkan pengadilan seorang anggota TNI yang terkait pidana umum dari peradilan militer ke peradilan umum tidak semudah membalikkan tangan. Selain harus ada revisi beberapa undang-undang terkait seperti UU No 39 Tahun 1947 tentang KUHP Militer, UU No 1 Tahun 1964 tentang KUHP, UU No 8 Tahun 1981 tentang KUHAP, dan UU No 4 Tahun 2004 tentang Kekuasaan Kehakiman, juga membutuhkan waktu setidaknya dua hingga tiga tahun untuk mensosialisasikannya pada internal setidaknya empat lembaga sebelum RUU Peradilan Militer diundangkan, yakni: internal TNI sendiri, Kejaksaan Agung, Polri, dan Mahkamah Agung. Sosialisasi tersebut meliputi operasionalisasi peradilan umum bagi anggota TNI dan kemungkinan ekses yang akan mengikutinya.

Jalan Tengah

Perlu digarisbawahi bahwa pembahasan RUU Peradilan Militer adalah bagian dari skema Reformasi TNI secara luas. Artinya cepat atau lambat pengundangan RUU Peradilan Militer adalah sebuah keniscayaan, dengan mendasarkan pada semangat korporasi militer, penegakan HAM, dan konstitusi, yang selaras dengan persamaan di depan hukum bagi setiap warga negara. Semangat korporasi militer masih perlu dijaga karena dalam konteks penataan internal institusi militer seringkali akan membuat perasaan tidak dihargai oleh negara, sehingga dalam banyak kasus, justru tentaranya melakukan kudeta karena disisihkan dalam percaturan politik kenegaraan. Beberapa kasus di Chili,dan Nigeria misalnya terjadi pengambilalihan kekuasaan saat pemerintah sipil berupaya mendorong penataan internal militernya. Harus dipahami juga bahwa satu-satunya kebanggaan dari anggota militer saat anggaran dipangkas, ruang gerak dibatasi, dan terseret-seret kasus pengadilan HAM adalah semangat kelembagaannya (esprit de coprs). Sehingga apabila semangat korporasi militer tersebut tercerabut, maka esensi dari penataan kelembagaan dalam Reformasi TNI akan dimaknai oleh internal TNI sebagai langkah pembonsaian TNI.

Dengan kata lain pembahasan RUU Peradilan Militer setidaknya harus memperhatikan empat hal, yakni; Pertama, perlu adanya titik temu antara pemerintah dan TNI dengan DPR dan kalangan LSM untuk memberikan ruang sosialisasi terkait dengan pengundangan UU Peradilan Militer dalam pasal-pasal terkait. Hal ini juga pernah terjadi pada pasal-pasal sensitif ketika pembahasan UU TNI, khususnya Pasal 76, tentang Penertiban dan Pengambilalihan Bisnis TNI.

Kedua, penyelarasan undang-undang terkait dengan merevisi yang telah ada dapat dilakukan secara bertahap. Penahapan ini penting mengingat proses pemberlakukan UU Peradilan Militer juga menjalani proses yang sama, dalam bentuk sosialisasi. Sehingga pada waktunya akan terjadi integrasi perundang-undangan, di mana undang-undang yang telah ada tidak saling bertentangan dengan UU Peradilan Militer kelak.

Ketiga, selaras dengan itu, RUU Peradilan Militer setelah disahkan menjadi undang-undang harus tersosialisasi dengan baik pada internal TNI dan anggota Criminal Justice System (CJS) seperti Polri, Kejaksaan Agung dan Mahkamah Agung. Sosialisasi tersebut harus merupakan bagian yang terintegral dalam esensi persamaan di depan hukum bagi semua warga negara. Selain itu sosialisasi ini juga untuk menetralkan semangat superioritas dan inferioritas pada institusi-institusi tersebut.

Keempat, selama proses diatas tersebut berjalan, penanganan kasus-kasus pidana umum yang melibatkan anggota TNI ditangani bersama-sama oleh oditur militer dan atasan yang bersangkutan dengan pihak kepolisian dan kejaksaan sebagai penyelidik dan penyidik. Sementara hakim dan penuntut umum juga melibatkan unsur militer.

Dengan memperhatikan empat hal tersebut di atas, diharapkan DPR, pemerintah dan kalangan LSM dapat memahami bahwa pembahasan RUU Peradilan Militer dapat diselesaikan sebelum masa kampanye Pemilu 2009 yakni April 2009. Bila lewat dari tenggat tersebut, hampir dipastikan pembahasan RUU Peradilan Militer akan sangat politis dan sarat dengan kalkulasi politik untuk kepentingan pemenangan Pemilu 2009. Sebab, meski berjumlah tidak lebih dari 400 ribu anggota, TNI masih dilihat sebagai faktor determinan dalam menentukan arah bangsa ini.